Il piccolo Manuel, sopranominato Sete da suo zio, crebbe in un ambiente motociclistico, in particolare grazie al nonno Don Paco Bulto, creatore del marchio spagnolo Bultaco.


Sete provò a correre in diverse categorie, in particolare il trial ed il motocross, prima di stabilirsi sui circuiti. Debuttò nella Coppa Gilera nel 1990 e, un anno dopo, conquistò i titoli di campione junior di Catalogna e di Spagna.

Effettuò un passagio nel campionato d’Europa 250cc nel 1992 e, l’anno seguente, gli fu assegnata una wildcard per disputare il Gran Premio di Spagna. Si dovette poi aspettare il 1996 per vedere Gibernau apparire sulla scena mondiale grazie al campione del mondo Wayne Rainey che lo assunse per il campionato del mondo 250cc, affidandogli il manubrio di una Yamaha. 21° al termine della stagione, passò nella categoria regina nel 1997, sempre con la squadra Yamaha di Rainey.

Sete ottenne diversi arrivi nella top 10, risultati che bastarono perché l’HRC facesse appello a lui. Ereditò in un primo momento la moto di Takuma Aoki, poi di quella di Mick Doohan nel 1999. Quella campagna fu particolarmente soddisfacente in quanto lo spagnolo segnò quattro podi. I suoi risultati gli permisero di integrare la squadra Repsol Honda dove raggiunse Alex Crivillé e Tadayuki Okada. Dopo non aver raggiunto gli obiettivi fissati da questo team, lo spagnolo partì per la Suzuki.

La RGV500 gli offrì la sua prima vittoria a Valencia e la nona posizione nel campionato del mondo. La stagione 2002 fu una nuova delusione per Sete che lasciò la Suzuki per raggiungere il team Telefonica Movistar Honda.

Questo arrivo di Sete nella squadra di Fausto Gresini fu un vero e proprio capovolgimento nella sua carriera. Il tragico incidente di Daijiro Kato nel primo Gran Premio della stagione, a Suzuka, e la morte del pilota giapponese qualche settimana più tardi, fu uno shock immenso per Gibernau e l’intera squadra. Immediatamente Sete diventò il leader di questo team e dedicò a Kato le quattro vittorie che segnò in quella stagione. Gibernau moltiplicò gli arrivi sul podio e si affermò come il principale avversario di Valentino Rossi.

Vice campione del mondo nel 2003, inseguì nuovamente il titolo iridato nel 2004. Vincitore di due dei primi quattro Gran Premi, si portò in testa alla classifica generale, ma dovette cedere le redini del campionato a Rossi dopo il Gran Premio dei Paesi-Bassi. Dopo un periodo difficile a metà stagione, si rifece e battagliò contro Rossi. La tensione raggiunse il suo livello più alto nel Qatar, gara vinta da Gibernau ma segnata dalla polemica sulla retrocessione di Rossi sulla griglia di partenza. L’italiano vinse le tre gare successive e, ancora una volta, Gibernau si dovette accontentare del titolo di vice campione.

Sempre con i colori della Movistar Honda, Gibernau pensava di potersi rifare nel 2005, ma ha rapidamente capito che Rossi era più forte di lui, sia tecnicamente che mentalmente. Dominato addirittura dal giovane compagno di squadra Marco Melandri, Sete ha incontrato molti problemi meccanici e ha commesso tanti errori. Senza aver vinto nessun Gran Premio, lo spagnolo ha concluso l’anno al settimo rango generale.

Quest’anno Sete Gibernau raggiunge le truppe di Borgo Panigale dove affianca Loris Capirossi. Sapremo tra poco se questa scelta risulterà pagante per il pilota spagnolo.