En janvier 2002, alors que la marque était déjà engagée en Superbike, Kawasaki décide de rejoindre le championnat du monde de vitesse, visant à débuter en 2003, année de l’entrée en vigueur des règlements MotoGP. Un premier prototype de la Ninja est testé un mois plus tard grâce à un moteur 990cc monté sur un châssis Superbike à peine modifié. Ce prototype participe ensuite à quelques courses au Japon où il obtient des résultats encourageants avec Akira Yanagawa.

Après plusieurs mois de développement, la Ninja ZX-RR fait ses débuts en GP à la fin de la saison 500cc avec Andrew Pitt qui participe au Grand Prix de Valencia. Ce sera une première expérience concluante puisque la Ninja marque d’emblée quatre points. Forts de cette expérience encourageante, les dirigeants de Kawasaki donnent naissance au Kawasaki Racing Team dont il confient la direction à Harald Eckl. Trois pilotes participent à cette première saison complète avec le team basé en Allemagne : Alex Hofmann avec une wild-card, et la paire Andrew Pitt - Garry McCoy. Ce dernier obtient le meilleur résultat de l’année en arrivant neuvième au Grand Prix de France. Au total cinq GP permettent à l’équipe de marquer des points cette année-là. En 2004 Kawasaki accueille Shinya Nakano et la paire de pilotes qu’il forme avec Alex Hofmann restera stable jusqu’à la fin de la saison. C’est l’année d’un premier succès pour l’équipe de Harald Eckl grâce à Nakano qui marque les points de la troisième place au Grand Prix du Japon. Le Nippon conclut son année au dixième rang général. Après ses bon débuts, l’équipe passe au moteur Big Bang pendant l’hiver, une option payante puisque, en 2005, Olivier Jacque porte la Kawasaki sur la deuxième marche du podium au Mans, un Grand Prix qu’il dispute avec une wild-card en remplacement d’un Alex Hofmann blessé. Sans être monté sur le podium, Nakano répète tout de même sa dixième place au classement général. En 2006 Hofmann quitte l’équipe et est remplacé par le français Randy de Puniet, alors que Shinya Nakano garde sa place.