Après une carrière de pilote essentiellement disputée dans le Championnat du Monde 125cc, Fausto Gresini endosse le rôle de directeur d’équipe et fonde le Team Gresini en 1996. Il débute en 500cc l’année suivante avec Alex Barros et une Honda NSR V bicylindre. Après une deuxième saison dans la catégorie reine, les performances progressent mais Gresini décide de passer en 250cc en 1999 où il fait courir Loris Capirossi.

L’une des étapes importantes de la vie de Fausto Gresini sera l’arrivée du jeune Daijiro Kato dans son équipe en 2000. Cette année-là, le japonais termine le championnat 250cc en troisième position après avoir signé quatre victoires et cinq podiums. Il remporte le titre l’année suivante, puis passe dans la catégorie reine en 2002 et est élu « débutant de l’année ». Le passage aux MotoGP est marqué par le tragique accident dont est victime Kato au Grand Prix du Japon 2003, épreuve d’ouverture du championnat. Bouleversé par la disparition de son coéquipier, Sete Gibernau lui dédiera quatre victoires et le titre de vice champion du monde cette année-là. Colin Edwards rejoint l’équipe en 2004, année qui voit le texan conclure le championnat au cinquième rang alors que Gibernau confirme son titre de vice champion du monde. En 2005 c’est Marco Melandri qui rejoint le team de Fausto Gresini et, pour la troisième année consécutive, l’équipe finit au deuxième rang du championnat pilotes. En 2006 le team change de sponsor titre et devient Fortuna Honda. Elle fait rouler Toni Elias aux côtés de Marco Melandri.